向全面表征。法人类癌症细胞组织磷酸化蛋白质组

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周H,迪帕尔马,Preisinger C,彭M, Polat, AJ,穆罕默德

向全面表征。法人类癌症细胞组织磷酸化蛋白质组

J蛋白质组研究》2013年1月4日,12 (1):260 - 71。doi: 10.1021 / pr300630k。Epub 2012年12月18日。

PubMed ID

23186163 (在PubMed

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文摘

质谱(MS)的phosphoproteomics取得了非凡的成功在定性和定量分析细胞蛋白质的磷酸化。考虑到估计的磷酸化水平细胞放置在高于100000网站,还有很多进步的空间。扩展的深度磷酸化蛋白质组,我们尝试覆盖,同时保持现实的愿望的可用材料,健壮性和仪器运行时间。我们开发了三种策略,每个提供不同的平衡这三个关键参数。第一个策略简单地利用Ti(4 +)浓缩imac其次是反向色谱质(称为1 d)。第二种策略包含一个额外的分离步骤通过使用HILIC (2 d)。最后,第三个战略设计采用第一SCX分馏,其次是Ti (4 +) imac浓缩和额外的分馏HILIC (3 d)。在海拉细胞行进行初步评价。检测3700此处则在约2小时,1 d策略被发现是最敏感但comprehensivity有限,主要是由于问题的复杂性和动态范围。总的来说,最好的平衡是通过使用基于2 d的策略,确定近17000此处则小于1毫克的材料大约48 h。随后,我们与K562细胞样品确认结果。 When sufficient material was available, the 3D strategy increased phosphoproteome allowing over 22,000 unique phosphopeptides to be identified. Unfortunately, the 3D strategy required more time and over 1 mg of material before it started to outperform 2D. Ultimately, combining all strategies, we were able to identify over 16,000 and nearly 24,000 unique phosphorylation sites from the cancer cell lines HeLa and K562, respectively. In summary, we demonstrate the need to carry out extensive fractionation for deep mining of the phosphoproteome and provide a guide for appropriate strategies depending on sample amount and/or analysis time.

DrugBank数据引用了这篇文章

多肽

的名字	UniProt ID
组蛋白脱乙酰酶5	Q9UQL6	细节
高亲和力cAMP-specific IBMX-insensitive 3 ', 5 '环磷酸二酯酶8 b	O95263	细节
肌醇1 4 5-trisphosphate受体2型	Q14571	细节
肌醇1,4,5-trisphosphate受体类型3	Q14573	细节
6月二聚蛋白2	Q8WYK2	细节
循环AMP-dependent ATF-1转录因子	P18846	细节
循环AMP-dependent ATF-2转录因子	P15336	细节
循环AMP-dependent ATF-3转录因子	P18847	细节
循环AMP-dependent ATF-5转录因子	Q9Y2D1	细节
循环AMP-dependent ATF-7转录因子	P17544	细节
金属调节转录因子1	Q14872	细节
PML蛋白	P29590	细节
金属运输车CNNM2	Q9H8M5	细节
Tricarboxylate运输蛋白、线粒体	P53007	细节
Sodium-dependent磷酸盐转运蛋白2	Q08357	细节
细胞色素c氧化酶铜伴侣	Q14061	细节
Hephaestin	Q9BQS7	细节
钙调磷酸酶B同源蛋白质1	Q99653	细节
Calmodulin-2	P0DP24	细节
Calmodulin-3	P0DP25	细节
DNA-3-methyladenine糖基化酶	P29372	细节
60 kDa热休克蛋白、线粒体	P10809	细节
40年代核糖体蛋白S2	P15880	细节
异构核核糖核蛋白A2 / B1	P22626	细节
异构核核糖核蛋白H	P31943	细节
异构核核糖核蛋白H3	P31942	细节
异构核L核糖核蛋白	P14866	细节
剪接因子,脯氨酸和多	P23246	细节
剪接因子3单元2	Q15428	细节
受体的激活蛋白激酶C 1	P63244	细节
Stress-induced-phosphoprotein 1	P31948	细节
真核起始因子4 -ⅰ	P60842	细节
14-3-3蛋白β/α	P31946	细节
Hepatoma-derived生长因子	P51858	细节
磷酸甘油酸酯变位酶1	P18669	细节
Ran-specific GTPase-activating蛋白质	P43487	细节
凯尔血型糖蛋白	P23276	细节
整合素alpha-5	P08648	细节
杭丁顿蛋白	P42858	细节
Cap-specific mRNA (nucleoside-2 ' - o -甲基转移酶1	Q8N1G2	细节
神经细胞粘附分子L1	P32004	细节
Prohibitin-2	Q99623	细节
皮瓣核酸内切酶1	P39748	细节
Beclin-1	Q14457	细节
真核翻译起始因子3单元F	O00303	细节
RuvB-like 2	Q9Y230	细节
剪接因子3 b亚基3	Q15393	细节
异构核核糖核蛋白F	P52597	细节
异构核核糖核蛋白K	P61978	细节
70 kDa热休克蛋白4	P34932	细节
热休克蛋白105 kDa	Q92598	细节
核迁移蛋白质nudC	Q9Y266	细节
26 s蛋白酶调节亚基6	P17980	细节
剪接因子3单元3	Q12874	细节
瑞士/ SNF-related矩阵actin-dependent调节器的染色质亚科1 E成员	Q969G3	细节
肿瘤蛋白质D54	O43399	细节
原肌球蛋白alpha 3链	P06753	细节
原肌球蛋白alpha 4链	P67936	细节
泛素羧基末端水解酶14	P54578	细节
Alpha-2-HS-glycoprotein	P02765	细节
Chromobox蛋白质同族体5	P45973	细节
角蛋白,I型细胞骨架10	P13645	细节
赖氨酸- 63具体deubiquitinase BRCC36	P46736	细节
Desmoplakin	P15924	细节
KAT8监管NSL复杂的亚基3	Q9P2N6	细节
目前上游元件结合蛋白2	Q92945	细节
半胱氨酸和glycine-rich蛋白质1	P21291	细节
Filamin-A	P21333	细节
异构核核糖核蛋白D0	Q14103	细节
异染色质蛋白质1-binding 3	Q5SSJ5	细节
Ras GTPase-activating-like蛋白质IQGAP1	P46940	细节
Nucleophosmin	P06748	细节
60年代L14核糖体蛋白质	P50914	细节
60年代核糖体蛋白就是	Q07020	细节
60年代核糖体蛋白胶卷	P42766	细节
60年代核糖体蛋白L4	P36578	细节
40年代核糖体蛋白向	P62277	细节
40年代核糖体蛋白肌力	P08708	细节
40年代S28核糖体蛋白质	P62857	细节
40年代核糖体蛋白S5	P46782	细节
40年代核糖体蛋白S6	P62753	细节
40年代S8核糖体蛋白质	P62241	细节
40年代核糖体蛋白S9	P46781	细节
剪接因子1	Q15637	细节
小型核核糖核蛋白Sm D2	P62316	细节
丝氨酸/ arginine-rich剪接因子4	Q08170	细节
Transgelin-2	P37802	细节
Zyxin	Q15942	细节
丝氨酸/ arginine-rich剪接因子1	Q07955	细节
生存运动神经元蛋白质	B4DP61	细节
瞬时受体电位阳离子通道亚科2 V成员	Q9Y5S1	细节
Myosin-9	P35579	细节
可能ATP-dependent RNA解旋酶DDX5	P17844	细节
剪接因子3 b亚基1	O75533	细节
/肌醇钠转运蛋白	P53794	细节
伸长的长链脂肪酸蛋白5	Q9NYP7	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶24	Q9Y6E0	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶3	Q13188	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶38	Q15208	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶38-like	Q9Y2H1	细节
STE20 / SPS1-related proline-alanine-rich蛋白激酶	Q9UEW8	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶TAO1	Q7L7X3	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶TAO3	Q9H2K8	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶TBK1	Q9UHD2	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶tousled-like 1	Q9UKI8	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶tousled-like 2	Q86UE8	细节
TRAF2 NCK-interacting蛋白激酶	Q9UKE5	细节
Non-receptor酪氨酸受体激酶TNK1	Q13470	细节
酪氨酸受体激酶受体TYRO3	Q06418	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶ULK1	O75385	细节
AP2-associated蛋白激酶1	Q2M2I8	细节
BMP-2-inducible蛋白激酶	Q9NSY1	细节
钙/ calmodulin-dependent蛋白激酶激酶1	Q8N5S9	细节
钙/ calmodulin-dependent蛋白激酶激酶2	Q96RR4	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶MRCKγ	Q6DT37	细节
Citron Rho-interacting激酶	O14578	细节
双特异性蛋白激酶CLK2	P49760	细节
双特异性蛋白激酶CLK4	Q9HAZ1	细节
酪蛋白激酶我同种型α	P48729	细节
死亡率蛋白激酶2	Q9UIK4	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶DCLK2	Q8N568	细节
干扰素诱导,双链RNA-activated蛋白激酶	P19525	细节
eIF-2-alpha激酶GCN2	Q9P2K8	细节
酪氨酸受体激酶拿来	P16591	细节
Cyclin-G-associated激酶	O14976	细节
糖原合成酶激酶3α	P49840	细节
Interleukin-1 receptor-associated激酶1	P51617	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶SIK3	Q9Y2K2	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶LATS1	O95835	细节
LIM域激酶2	P53671	细节
双特异性增殖蛋白激酶激酶6	P52564	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶11	Q16584	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶15	Q6ZN16	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶3	Q99759	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶4	Q9Y6R4	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶6	O95382	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶激酶2	Q12851	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶激酶4	O95819	细节
增殖蛋白激酶激酶激酶激酶5	Q9Y4K4	细节
增殖蛋白激酶4	P31152	细节
地图kinase-activated蛋白激酶5	Q8IW41	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶MARK1	Q9P0L2	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶MARK2	Q7KZI7	细节
地图/微管affinity-regulating激酶3	P27448	细节
地图/微管affinity-regulating激酶4	Q96L34	细节
CLIP-associating蛋白1	Q7Z460	细节
Megakaryocyte-associated酪氨酸受体激酶	P42679	细节
母体胚胎亮氨酸拉链激酶	Q14680	细节
Misshapen-like激酶1	Q8N4C8	细节
地图kinase-interacting丝氨酸/ threonine-protein激酶1	Q9BUB5	细节
地图kinase-interacting丝氨酸/ threonine-protein激酶2	Q9HBH9	细节
肌球蛋白轻链激酶3	Q32MK0	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶Nek1	Q96PY6	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶Nek4	P51957	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶Nek9	Q8TD19	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶OSR1	O95747	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶PAK 1	Q13153	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶PAK 2	Q13177	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶PAK 4	O96013	细节
细胞周期蛋白依赖性激酶17	Q00537	细节
磷脂酰肌醇4-kinaseβ	Q9UBF8	细节
膜相关的酪氨酸,threonine-specific cdc2-inhibitory激酶	Q99640	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶N1	Q16512	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶N2	Q16513	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶PLK4	O00444	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶PRP4同族体	Q13523	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶RIO1	Q9BRS2	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶RIO2	Q9BVS4	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶RIO3	O14730	细节
Receptor-interacting丝氨酸/ threonine-protein激酶1	Q13546	细节
Receptor-interacting丝氨酸/ threonine-protein激酶2	O43353	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶SIK2	Q9H0K1	细节
SNF-related丝氨酸/ threonine-protein激酶	Q9NRH2	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶10	O94804	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶17	Q9UEE5	细节
Histone-lysine N-methyltransferase EZH2	Q15910	细节
Exportin-1	O14980	细节
经营领域,二班,转录因子1	P14859	细节
增殖蛋白激酶6	Q16659	细节
NAD-dependent蛋白脱乙酰酶sirtuin-2	Q8IXJ6	细节
肌营养不良蛋白	P11532	细节
43溶质载体家庭成员3	Q8NBI5	细节
过氧物酶体proliferator-activated受体γ共激活剂1测试版	Q86YN6	细节
电压门控钾离子通道亚基beta 2	Q13303	细节
细胞色素b还原酶1	Q53TN4	细节
atp柠檬酸合酶	P53396	细节
很长链酰coa合成酶	O14975	细节
溶质载体家庭23个成员2	Q9UGH3	细节
Sodium-coupled中性氨基酸转运体1	Q9H2H9	细节
Sodium-coupled中性氨基酸转运蛋白2	Q96QD8	细节
DNA甲基转移酶3 (cytosine-5)	Q9Y6K1	细节
鞘氨醇1-phosphate受体3	Q99500	细节
锌转运体ZIP10	Q9ULF5	细节
锌转运体ZIP6	Q13433	细节
锌转运体1	Q9Y6M5	细节
锌转运体zip2	Q9BRY0	细节
锌转运蛋白6	Q6NXT4	细节
受体酪氨酸受体激酶erbB-3	P21860	细节
二酰基甘油激酶ζ	Q13574	细节
v型质子atp酶亚基S1	Q15904	细节
酪氨酸受体磷酸酶non-receptor类型12	Q05209	细节
酪氨酸受体磷酸酶non-receptor类型6	P29350	细节
v型质子atp酶1。116 kDa亚基对碘氧基苯甲醚	Q93050	细节
v型质子atp酶116 kDa单元同种型2	Q9Y487	细节
线粒体钾通道	Q96ER9	细节
质膜calcium-transporting腺苷三磷酸酶1	P20020	细节
质膜calcium-transporting atp酶4	P23634	细节
Caspase-9	P55211	细节
DNA甲基转移酶3 b (cytosine-5)	Q9UBC3	细节
白细胞介素- 6受体β亚基	P40189	细节
鞘氨醇激酶2	Q9NRA0	细节
Leucyl-cystinyl氨基肽酶	Q9UIQ6	细节
Equilibrative核苷转运体3	Q9BZD2	细节
Molybdopterin合酶催化亚基	O96007	细节
受体酪氨酸蛋白激酶	Q504U8	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶ATR	Q13535	细节
P-selectin糖蛋白配体1	Q14242	细节
Microphthalmia-associated转录因子	O75030	细节
真核翻译起始因子4 e结合蛋白1	Q13541	细节
Lysine-specific组蛋白demethylase 1	O60341	细节
信号传感器和转录激活1α/β	P42224	细节
ki - 67增殖标记蛋白质	P46013	细节
G1 / S-specific cyclin-D3	P30281	细节
G1 / S-specific cyclin-D2	P30279	细节
组蛋白乙酰转移酶p300	Q09472	细节
ELAV-like蛋白1	Q15717	细节
核转录因子2红细胞两个相关因素	Q16236	细节
双特异性增殖蛋白激酶激酶7	O14733	细节
cAMP-dependent蛋白激酶iβ型调节亚基	P31321	细节
血红蛋白亚基gamma 1	P69891	细节
血红蛋白亚基gamma-2	P69892	细节
Bcl-2-binding组件3亚型1/2	Q9BXH1	细节
Bcl-2-like蛋白11	O43521	细节
腺苷酸环化酶3型	O60266	细节
腺苷酸环化酶类型6	O43306	细节
腺苷酸环化酶类型9	O60503	细节