seryl-tRNA合成酶与天然氨基酸结合的保真度由HierDock第一性原理计算。

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McClendon CL, Vaidehi N, Kam VW, Zhang D, Goddard WA 3

seryl-tRNA合成酶与天然氨基酸结合的保真度由HierDock第一性原理计算。

蛋白质工程学报，2006 5月;19(5):195-203。Epub 2006年3月3日。

PubMed ID

16517553 (查看PubMed

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摘要

seryl -tRNA合成酶(SerRS)在形成丝氨酸腺苷酸丝氨酸中间体后将丝氨酸与tRNA(Ser)结合，但其他非同源氨基酸在多大程度上与丝氨酸竞争以与SerRS结合或形成激活的丝氨酸腺苷酸丝氨酸中间体尚不清楚。为了检验对非同源氨基酸的区分机制，我们计算了20种天然氨基酸与SerRS的相对结合能。我们从腺苷seryl结合的嗜热菌SerRS的晶体结构出发，利用HierDock和SCREAM (Side-Chain Rotamer Energy Analysis Method)计算方法，预测了最佳结合模式和激活模式下结合位点上20种天然氨基酸的结合构象和结合能。活化模式下计算的结合能顺序与酵母SerRS的动力学测量结果一致，苏氨酸会与丝氨酸竞争活化中间体的形成，而丙氨酸和甘氨酸的竞争不明显。此外，我们预测天冬酰胺将与丝氨酸竞争激活中间体的形成。验证这一预测准确性的实验将有助于进一步验证HierDock和SCREAM的用途，用于设计结合到蛋白质中的新氨基酸，并用于确定氨基酸- trna合成酶设计中的突变，以促进氨基酸类似物合并到蛋白质中。

引用本文的药库数据

药物靶点

药物	目标	种类	生物	药理作用	行动
丝氨酸	丝氨酸-tRNA连接酶，细胞质	蛋白质	人类	未知的	不可用	细节