Glycoproteomics分析人类肝脏组织的多个酶消化和酰肼化学的结合。

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陈R,江X,阳光D,汉克,王F, M, L,邹H

Glycoproteomics分析人类肝脏组织的多个酶消化和酰肼化学的结合。

J蛋白质组研究》2009年2月,8 (2):651 - 61。doi: 10.1021 / pr8008012。

PubMed ID
19159218 (在PubMed
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文摘

蛋白质糖基化的研究远远落后于当前蛋白质组学的进展,因为巨大的复杂性、分布宽动态范围和低化学改性的糖蛋白。固相萃取的胰蛋白酶的N-glycopeptides酰肼化学正在成为一种受欢迎的协议N-glycoproteome分析。然而,在网上通过胰蛋白酶消化的蛋白质在人类蛋白质组数据库表明,很大比例的胰蛋白酶的N-glycopeptides不在猎枪的首选检测质量范围蛋白质组学方法,也就是说,从800年到3500年。和多糖组的很大规模可能会阻止胰蛋白酶访问K, R为消化残留物N-glycosites附近,这将导致代大糖肤。因此很多N-glycosites无法本地化如果只使用胰蛋白酶消化蛋白质。在此,我们描述一个全面的方法来分析人类肝脏组织的N-glycoproteome酰肼的组合化学方法和多种酶消化。人类肝脏组织的溶解产物与三种蛋白酶消化,也就是说,胰蛋白酶、胃蛋白酶和嗜热菌蛋白酶,分别与不同的特异性,。单独使用胰蛋白酶导致622 N-glycosites的识别,在使用胃蛋白酶和嗜热菌蛋白酶导致317额外N-glycosites的识别。在317额外N-glycosites, 98人(30.9%)不可能被胰蛋白酶在硅片胰蛋白酶的理论,因为相应的肽太小或太大在质谱检测。这项研究清楚地表明,N-glycosites覆盖面可以显著增加由于采用多个酶消化。 A total number of 939 N-glycosites were identified confidently, covering 523 noredundant glycoproteins from human liver tissue, which leads to the establishment of the largest data set of glycoproteome from human liver up to now.

DrugBank数据引用了这篇文章

多肽
的名字 UniProt ID
胰岛素受体 P06213 细节
凝血酶原 P00734 细节
Prolyl 4-hydroxylase亚基alpha - P13674 细节
癌胚antigen-related细胞粘附分子1 P13688 细节
磷酸腺苷盒式sub-family 1一员 O95477 细节
清道夫受体1 B类成员 Q8WTV0 细节
Corticosteroid-binding球蛋白 P08185 细节
血管紧张素转换酶 P12821 细节
抗凝血酶iii P01008 细节
皮质类固醇11-beta-dehydrogenase同工酶1 P28845 细节
国民幸福指数/ 6 pgl内质的双功能蛋白 O95479 细节
Alpha-N-acetylglucosaminidase P54802 细节
中性粒细胞弹性蛋白酶 P08246 细节
维生素K-dependent gamma-carboxylase P38435 细节
Ectonucleotide焦磷酸酶/磷酸二酯酶家族成员1 P22413 细节
低密度脂蛋白受体 P01130 细节
Serotransferrin P02787 细节
天门冬氨酰/ asparaginyl beta-hydroxylase Q12797 细节
纤维蛋白原α链 P02671 细节
性hormone-binding球蛋白 P04278 细节
压敏电阻器钙通道亚基α2 / delta 1 P54289 细节
高亲和免疫球蛋白伽马Fc受体 P12314 细节
表皮生长因子受体 P00533 细节
肝素辅因子2 P05546 细节
Ephrin a受体2 P29317 细节
Dipeptidyl肽酶4 P27487 细节
溶酶体alpha-glucosidase P10253 细节
N-acetylgalactosamine-6-sulfatase P34059 细节
Gamma-glutamyltranspeptidase 1 P19440 细节
Alpha-2-macroglobulin P01023 细节
Sialidase-1 Q99519 细节
Alpha-1-acid糖蛋白1 P02763 细节
衰变加速因子的补充 P08174 细节
血清paraoxonase /芳香酯1 P27169 细节
组织蛋白酶D P07339 细节
Alpha-1-antitrypsin P01009 细节
硫胺转运蛋白2 Q9BZV2 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白3 P17936 细节
Beta-glucuronidase P08236 细节
Glucosylceramidase P04062 细节
血管紧张素转换酶2 Q9BYF1 细节
Lactotransferrin P02788 细节
膜伯胺氧化酶 Q16853 细节
Kininogen-1 P01042 细节
凝血因子ξ P03951 细节
地下室membrane-specific硫酸乙酰肝素蛋白多糖核心蛋白质 P98160 细节
Chymase P23946 细节
整合素beta 2 P05107 细节
血管性血友病因子 P04275 细节
Proton-coupled叶酸运输车 Q96NT5 细节
血管紧张肽原 P01019 细节
Heparanase Q9Y251 细节
Vitronectin P04004 细节
髓过氧物酶 P05164 细节
氨肽酶N P15144 细节
中性粒细胞gelatinase-associated lipocalin P80188 细节
细胞间粘附分子1 P05362 细节
5 '核苷酸酶 P21589 细节
CD44抗原 P16070 细节
血浆铜蓝蛋白 P00450 细节
二肽酶1 P16444 细节
Beta-hexosaminidaseβ亚基 P07686 细节
整合素β3 P05106 细节
Endoplasmin P14625 细节
Prosaposin P07602 细节
纤连蛋白 P02751 细节
血清淀粉样蛋白P-component P02743 细节
ADP-ribosyl环化酶/循环ADP-ribose水解酶2 Q10588 细节
组织蛋白酶F Q9UBX1 细节
补充c1子组件 P09871 细节
补充因素B P00751 细节
纤维蛋白原β链 P02675 细节
纤维蛋白原γ链 P02679 细节
补充C1r子组件 P00736 细节
补充C1q子组件单元 P02745 细节
层粘连蛋白亚基alpha-5 O15230 细节
层粘连蛋白亚基beta 1 P07942 细节
层粘连蛋白亚基gamma 1 P11047 细节
层粘连蛋白亚基alpha - P25391 细节
Calreticulin P27797 细节
Prolow-density脂蛋白受体相关蛋白1 Q07954 细节
Asialoglycoprotein受体2 P07307 细节
丝氨酸蛋白酶hepsin P05981 细节
Neuropilin-1 O14786 细节
组织蛋白酶L1 P07711 细节
胆碱酯酶 P06276 细节
胆碱transporter-like蛋白2 Q8IWA5 细节
Procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2 O00469 细节
Prolyl 3-hydroxylase 1 Q32P28 细节
谷酰基氨基肽酶 Q07075 细节
磷脂酰丝氨酸合酶2 Q9BVG9 细节
Disintegrin和金属蛋白酶domain-containing蛋白10 O14672 细节
Alpha-galactosidase一 P06280 细节
血浆激肽释放酶 P03952 细节
上皮细胞粘附分子 P16422 细节
等离子体蛋白酶C1抑制剂 P05155 细节
Ig gamma 1链恒定区 P01857 细节
Beta-2-glycoprotein 1 P02749 细节
Zinc-alpha-2-glycoprotein P25311 细节
Arylsulfatase一 P15289 细节
清道夫受体蛋白质M130 cysteine-rich 1型 Q86VB7 细节
瘦素受体 P48357 细节
他们的受体 Q02763 细节
羧肽酶B2 Q96IY4 细节
细胞程序性死亡配体1 Q9NZQ7 细节
补体C3 P01024 细节
跨膜糖蛋白NMB Q14956 细节
t细胞表面糖蛋白CD4 P01730 细节
Endoglin P17813 细节
toll样受体8 Q9NR97 细节
单核细胞分化抗原CD14 P08571 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 1 P22309 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 4 P22310 细节
碱性磷酸酶,tissue-nonspecific同工酶 P05186 细节
Receptor-type酪氨酸受体磷酸酶年代 Q13332 细节
整合素beta 1 P05556 细节
整合素alpha-V P06756 细节
Cation-independent mannose-6-phosphate受体 P11717 细节
溶质载体家庭22个成员7 Q9Y694 细节
Alpha-1-acid糖蛋白2 P19652 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 3 P35503 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b7 P16662 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b4 P06133 细节
UDP-glucuronosyltransferase 1 - 8 Q9HAW9 细节
类胰蛋白酶α/ beta 1 Q15661 细节
Endothelin-converting酶1 P42892 细节
Ig gamma-2链恒定区 P01859 细节
Pro-cathepsin H P09668 细节
HLA一级组织相容性抗原,B-27α链 P01889 细节
癌胚antigen-related细胞粘附分子5 P06731 细节
载脂蛋白米 O95445 细节
脊髓灰质炎病毒受体 P15151 细节
Cation-dependent mannose-6-phosphate受体 P20645 细节
Decorin P07585 细节
肌醇1 4 5-trisphosphate受体1型 Q14643 细节
Palmitoyl-protein thioesterase 1 P50897 细节
L-amino-acid氧化酶 Q96RQ9 细节
羧肽酶D O75976 细节
N-acetylmuramoyl-L-alanine酰胺酶 Q96PD5 细节
Alpha-N-acetylgalactosaminidase P17050 细节
羧肽酶问 Q9Y646 细节
补充C4-A P0C0L4 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2去往b15 P54855 细节
古柯碱酯酶 O00748 细节
转铁蛋白受体蛋白1 P02786 细节
转铁蛋白受体蛋白2 Q9UP52 细节
细胞色素b - 245重链 P04839 细节
Stabilin-2 Q8WWQ8 细节
钠/ potassium-transporting atp酶亚基beta 1 P05026 细节
钠/ potassium-transporting atp酶亚基beta 2 P14415 细节
载脂蛋白D P05090 细节
Ig gamma-4链恒定区 P01861 细节
IgμC链 P01871 细节
ADP-ribosyl环化酶/循环ADP-ribose水解酶1 P28907 细节
硒蛋白P P49908 细节
P2X purinoceptor 4 Q99571 细节
溶酶体保护蛋白 P10619 细节
溶质载体家庭13成员5 Q86YT5 细节
Fibrillin-2 P35556 细节
Afamin P43652 细节
整合素alpha-5 P08648 细节
神经细胞粘附分子L1 P32004 细节
巨噬细胞受体马可 Q9UEW3 细节
次要组织相容性抗原H13 Q8TCT9 细节
节点调制器1 Q15155 细节
剪接因子3单元3 Q12874 细节
Alpha-2-HS-glycoprotein P02765 细节
C4b-binding蛋白α链 P04003 细节
补充组件C8β链 P07358 细节
补充成分C9 P02748 细节
补体因子H P08603 细节
我补充因素 P05156 细节
Clusterin P10909 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白复合物酸不稳定的亚基 P35858 细节
Inter-alpha-trypsin抑制剂重链H2 P19823 细节
Lumican P51884 细节
色素epithelium-derived因素 P36955 细节
C4b-binding蛋白β链 P20851 细节
补充组件C8α链 P07357 细节
凝血因子十三B链 P05160 细节
Ficolin-3 O75636 细节
Inter-alpha-trypsin抑制剂重链H1 P19827 细节
重链H4 Inter-alpha-trypsin抑制剂 Q14624 细节
免疫球蛋白J链 P01591 细节
妊娠带蛋白 P20742 细节
Alpha-1-antichymotrypsin P01011 细节
N-acylethanolamine-hydrolyzing酸酰胺酶 Q02083 细节
Iduronate 2-sulfatase P22304 细节
Alpha-L-iduronidase P35475 细节
Arylsulfatase B P15848 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b10 P36537 细节
磷脂转运蛋白 P55058 细节
HLA二类组织相容性抗原,博士α链 P01903 细节
HLA二类组织相容性抗原,博士5β链 Q30154 细节
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase P51688 细节
三磷酸Ectonucleoside diphosphohydrolase 5 O75356 细节
Prostaglandin-H2 D-isomerase P41222 细节
锌转运体ZIP14 Q15043 细节
载脂蛋白b - 100 P04114 细节
血液结合素 P02790 细节
富含组氨酸糖蛋白 P04196 细节
结合珠蛋白 P00738 细节
血清paraoxonase /芳香酯2 Q15165 细节
v型质子atp酶亚基S1 Q15904 细节
整合素αx P20702 细节
苷酶 P16278 细节
白细胞介素- 6受体β亚基 P40189 细节
免疫球蛋白重常数γ3 P01860 细节
Angiopoietin-related蛋白3 Q9Y5C1 细节
淋巴管内皮透明质酸受体- 1 Q9Y5Y7 细节
细胞外超氧化物歧化酶(Cu-Zn) P08294 细节
HLA类我组织相容性抗原,Cα链 P10321 细节
Arylacetamide脱乙酰酶 P22760 细节
小鼠抗原 Q5ZPR3 细节
Asialoglycoprotein受体1 P07306 细节